для тех кто столкнулся с такой же проблемой официальный ответ Synology:
Please deactivate alls folders you want to sync. Activate only one and after then the secon and the third folder. Test one by one, to check which folder or subfolder occur this problem. The reason is mostly, that one folder gets to stock or the system tries to sync some files, which contains character for example. Check this please and following information for clear sync: (ссылка)
Сразу скажу - по предложенной схеме после повторного перезапуска всех синхронизируемых папок общего доступа работа стабилизировалась, проблема ушла (видимо шла бесконечная перезапись внутри одной из директорий, в конечном итоге начал подъедаться и жесткий диск, хотя количество копий по умолчанию для всех папок = 1), НО в итоге "проблемную" папку выявить не удалось, т.е. был все же где-то программный сбой, иначе обеспечивалась бы повторяемость проблемы.
Перезапуск всех синхронизаций был процесс не очень удобный, т.к. автоматом перезапущенная общая папка клиентами не подхватывалась, и занял прилично времени. Возможно кому-то информация окажется полезной.